FK Krasnodar
O FK Krasnodar foi fundado em 2008 sendo seu fundador e proprietário o senhor Sergey Galitsky. Em Fevereiro de 2008 o clube passou a ser profissional e o direito de participar na segunda divisão russa. O seu primeiro jogo oficial foi a 12 de Abril de 2008 frente ao NIKA terminando empatado a zero. A sua primeira vitória a nível profissional foi frente ao FC Jemtchujina a 16 de Abril de 2008. Na sua primeira temporada, em 2007-2008, o FK Krasnodar terminou na 3ª posição do campeonato regional do distrito de Svay. A 15 de Janeiro de 2009 o clube recebeu a noticia oficial da disponibilidade do clube participar na primeira divisão, que é o segunda nível da Liga de Futebol Nacional da Rússia, devido à desistência de outros clubes.
Na temporada 2008-2009 o FK Krasnodar terminou no 10º lugar da primeira divisão mas na temporada seguinte os resultados foram muito melhores conseguindo alcançar o 5º lugar da tabela classificativa. Nenhum destes resultados deu ao clube a possibilidade de subir para a Premier League, o primeiro nível da liga russa. Contudo ele acabou por subir à grande Premier League Russa depois de dois clubes se terem voluntariamente retirado. Na verdade o FK Krasnodar conseguiu rapidamente chegar ao maior nível de futebol na Rússia não pelos seus resultados nas temporadas mas sim devido à desistência de outros clubes que não tinham capital suficiente para se manter nessa liga.

Equipa do FK Krasnodar em 2008
Na temporada 2011-2012 o FK Krasnodar teve a sua primeira experiência no mais alto nível de futebol da Rússia. O primeira grande derby foi frente ao Kuban que já tinha uma larga experiência nesse campeonato. O jogo foi bastante intenso mas no fim de contas o FK Krasnodar a jogar com 10 jogadores conseguiu marcar o único golo do jogo aos 67 minutos. Esta foi uma vitória que ficou marcada quer na história do clube que na história do futebol russo. Nesta primeira temporada o clube terminou o campeonato no 9º lugar não sendo um mau resultado tendo em conta que era uma equipa recém-chegada.
Em 2013 os resultados não foram melhores, bem pelo contrário. Nesta temporada o clube não estava a ter o desempenho desejado e acabou o campeonato no 10º lugar. No início da temporada 2013-2014 o FK Krasnodar, sob o comando de Slavoljub Muslin, não estava a conseguir bons resultados. Desta forma, em Setembro o treinador foi demitido e o seu lugar foi ocupado pelo Oleg Kononov. Desde a sua entrada que os resultados positivos começaram a aparecer. O clube conseguiu terminar no 5º lugar da Premier League Russa. Este óptimo resultado deu ao clube acesso, pela primeira vez, à Liga Europa. Para acabar bem esta temporada, o FK Krasnodar conseguiu chegar à final da Taça da Rússia mas acabou por perder frente ao Rostov nas grandes penalidades por 5-6.